Die Bode hat im Bereich ihrer Schlucht eine Breite von 7 bis 25 m und ein Gefälle von 100 m auf 17 km. Ihr Gewässerlauf und -bett sind innerhalb der Schlucht sehr naturnah. Kessel, Stromschnellen und Auskolkungen im Fels wechseln sich ab mit Schotterinseln und Flachufern. Sagenumwoben ist die namhafteste Stromschnelle der Bode, der Bodekessel unweit südwestlich der Gaststätte Königsruhe, vor der Sprengung im Jahre 1798 ein niedriger Wasserfall. Blöcke und Steine strukturieren das Flussbett. Langsame Gewässerabschnitte treten v. a. im Bereich des Hornfels auf („Zahme Bode“), Stromschnellen („Wilde Bode“) befinden sich v. a. im unteren Teil der Schlucht und wurden durch das Einschneiden des Flusses in die Gesteinspakete des Ramberg-Granit gebildet. Das Gewässerregime innerhalb der Schlucht wird jedoch durch die Stauanlagen des Bodewerks im Oberlauf der Bode bestimmt. Der Abfluss kann stark variieren: Während des verheerenden Silvester-Hochwassers von 1925 wurde ein Abfluss von 350 m³/s festgestellt; im Sommer 1926 lag die Bode fast trocken (0,35 m³/s). Weitere Hochwässer wurden 1667, 1730 und im April 1984 verzeichnet. Die Bode sollte nach einem Plan von 1891 auch in der Bodeschlucht durch einen 150 m hohen Damm am Bodekessel aufgestaut werden. Der Plan wurde verworfen.
Nur wenige Nebenbäche münden im Bereich der Schlucht rechtsseitig in die Bode. Ein lebhaft plätschernder Bach ist die von Allrode kommende Luppbode. Sie geht bei Treseburg in der Bode auf. Ein weiterer Nebenbach ist der Dambach, der in einer Nebenschlucht unterhalb des Rabensteins zur Bode führt.
Verbreitetste Bodenform sind Silikat-Syroseme, die zu den Gesteinsrohböden im Bereich der Felsen und Gesteinsschutthalden gehören. In flacheren Bereichen mit geringerer Umlagerung der Bodenpartikel sind Ranker verschiedener Mächtigkeit entwickelt. Als besondere Bodenform treten über Tonschiefer Braune Ranker auf. Am Schluchtrand kommen podsolierte Braunerden vor.